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张丕红:正常皮肤、瘢痕和瘢痕癌组织中差异表达ncRNA的生物信息学分析 PPT讲座视频 中华医学会烧伤外科学分会2017年学术年会暨第二十五届全军烧伤外科学专业学术会议
标题: 正常皮肤、瘢痕和瘢痕癌组织中差异表达ncRNA的生物信息学分析
讲者: 张丕红
单位: 中南大学湘雅医院
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论文摘要: 目的:观察正常皮肤、瘢痕和瘢痕癌组织中差异表达的非编码RNA(LncRNA、miRNA),从非编码基因角度探索瘢痕癌的发病机理。  方法:采用Arraystar人长链非编码芯片v2.0 检测正常皮肤、瘢痕、瘢痕癌中差异表达的LncRNA、mRNA,miRNA二代测序技术检测三种组织中差异表达的miRNA,基因本体论(Gene Ontology, GO)和KEGG生物学通路分析预测差异表达LncRNA、miRNA的功能。  结果:与癌旁瘢痕组织相比,瘢痕癌中有840个LncRNA、2101个mRNA表达增强,2323个LncRNA、1415个mRNA表达减弱(fold ≥ 2.0, p < 0.05),22个miRNA表达增强,20个miRNA表达减弱(fold ≥ 1.5, p < 0.05); 与正常皮肤组织相比,瘢痕癌中有1989个LncRNA、4534个mRNA表达增强,3369个LncRNA、1696个mRNA表达减弱(fold ≥ 2.0, p < 0.05),10个miRNA表达增强,15个miRNA表达减弱(fold ≥ 1.5, p < 0.05);其中,在瘢痕癌、癌旁瘢痕、正常皮肤组织差异表达的LncRNA和mRNA中,有110个LncRNA梯度表达增强,302个梯度表达减弱,289个mRNA梯度表达增强,149个梯度表达减弱(fold ≥ 2.0, p < 0.05);GO分析显示cellular process、cell part、 protein binding、 biological regulation、 single-organism process、 organelle等富集比较多;KEGG分析显示与癌旁瘢痕组织相比,瘢痕癌中表达增强的LncRNA涉及43个信号通路,其中最明显的为p53 signaling pathway,表达减弱的LncRNA涉及44个信号通路其中最明显的为Chemokine signaling pathway,表达增强的miRNA涉及48个信号通路,其中最明显的为Insulin signaling pathway,表达减弱的miRNA涉及74个信号通路,其中最明显的为Pathways in cancer;与正常皮肤组织相比,瘢痕癌中表达增强的LncRNA涉及89个信号通路,其中最明显的为Protein processing in endoplasmic reticulum,表达减弱的LncRNA涉及44个信号通路其中最明显的为Melanogenesis,表达增强的miRNA涉及13个信号通路,其中最明显的为Colorectal cancer,表达减弱的miRNA涉及74个信号通路,其中最明显的为Signaling pathways regulating pluripotency of stem cells。结论:正常皮肤、瘢痕、瘢痕癌组织中差异表达的非编码RNA(包括LncRNA、miRNA)可能在瘢痕形成以及瘢痕癌变过程中发挥重要作用。
 

烧伤外科

中南大学湘雅医院

职务/职称: 烧伤重建外科主任,主任医师,教授,研究生导师

个人简介: 中华医学会烧伤外科分会常务委员、中华医学会创伤外科分会委员、中国修复重建学会委员、中国整形美容协会瘢痕专业委员会和鼻整形专业委员会委员、湖南省烧伤整形外科学会委员、湖南省病理生理学会理事、《中华烧伤杂志》通讯编委。

 


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