新生儿肠道菌群结构的改变同轮状病毒感染密切相关

方法: 收集15例新生儿粪便标本，其中5例为健康新生儿（A组），5例为轮状病毒阳性无症状新生儿（B组），5例为轮状病毒阳性的腹泻患儿（C组）。提取样本中细菌基因组总DNA，并对其16S rRNA V3-V4可变区进行PCR扩增，并通过Illumina MISEQ平台测序。保留高质量序列并进行生物信息学分析。

结果: 平均每份样品测序得到36285条高质量序列，按照97%相似性将全部序列聚类为121个分类单位（OTU）。只有OUT1和OUT2在所有样品中被测到，具体分类分别是嗜热链球菌和大肠杆菌。肠道菌群组成具有显著性差异（R＝0.34，P＝0.002），然而菌群的多样性（包括其复杂性和丰富度）差异却没有统计学意义。肠道菌群共检测到7个门类，13个纲，19个目，33个科以及76个属的细菌。三个优势菌门分别为厚壁菌门、变形菌门和放线菌门。在三组新生儿中厚壁菌门的占比具有显著差异，C组占比最高。相对丰度超过0.1%的12个菌科中，有6个菌科的相对丰度至少在两组间差异明显，包括双歧杆菌科、肠杆菌科、梭状芽孢杆菌科、肠球菌科、链球菌科和韦荣球菌科。轮状病毒感染后肠球菌科的丰富度显著降低（P＝0.03），而当腹泻症状出现后链球菌科的细菌占比明显升高（P＜0.01）。双歧杆菌科和肠杆菌科的细菌随着轮状病毒感染逐渐发生改变，在腹泻新生儿中的丰度降低显著。